مأموریت مرکز ملی مطالعات سلامت اداری جهاددانشگاهی، ایجاد و توسعه یک مرجع علمی، پژوهشی و تخصصی در سطح ملی برای مطالعه، تحلیل، پایش و ارتقای سلامت نظام اداری کشور از طریق تولید دانش بومی، انجام پژوهش‌های بنیادی، توسعه‌ای و کاربردی، ارائه خدمات آموزشی و مشاوره‌ای تخصصی، توسعه مدل‌ها، شاخص‌ها، استانداردها و ابزارهای ارزیابی، و طراحی راهکارهای نوآورانه مبتنی بر فناوری‌های نوین در حوزه سلامت اداری است.
این مرکز با هدف پشتیبانی علمی از سیاست‌گذاری، تصمیم‌گیری و اقدامات اصلاحی در نظام اداری کشور، به مطالعه و تحلیل ابعاد مختلف سلامت اداری شامل شفافیت، پیشگیری و مقابله با فساد، مدیریت ریسک فساد، مدیریت موقعیت‌های تعارض منافع، حکمرانی سازمانی، پاسخگویی، مسئولیت‌پذیری، اخلاق حرفه‌ای و تقویت فرهنگ سازمانی سالم می‌پردازد و تلاش می‌کند با بهره‌گیری از رویکردهای میان‌رشته‌ای، شواهد علمی و تجارب ملی و بین‌المللی، زمینه ارتقای کیفیت حکمرانی و افزایش اعتماد عمومی را فراهم آورد.
مرکز ملی مطالعات سلامت اداری جهاددانشگاهی با اتکا به ظرفیت‌های علمی پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات اجتماعی جهاددانشگاهی و بهره‌گیری از دانش تخصصی حوزه‌های مدیریت، سیاست‌گذاری عمومی، حقوق، علوم اجتماعی، اقتصاد، فناوری اطلاعات و سایر حوزه‌های مرتبط، مأموریت دارد ضمن توسعه ادبیات علمی بومی در حوزه سلامت اداری، به طراحی و بومی‌سازی الگوها، مدل‌ها، شاخص‌ها و نظام‌های سنجش و پایش سلامت اداری برای دستگاه‌های اجرایی، نهادهای عمومی، شرکت‌های دولتی و سازمان‌های بخش خصوصی اقدام نماید.
این مرکز همچنین با انجام مطالعات آسیب‌شناسی، ارزیابی وضعیت موجود، تحلیل فرآیندها و شناسایی گلوگاه‌های ایجادکننده فساد و ناکارآمدی، تلاش می‌کند راهکارهای علمی و عملیاتی برای اصلاح ساختارها، بهبود فرآیندهای سازمانی، ارتقای شفافیت، مدیریت تعارض منافع و تقویت سازوکارهای پیشگیرانه ارائه دهد.
از دیگر مأموریت‌های مرکز، توسعه خدمات تخصصی شامل مشاوره‌های علمی و سازمانی، طراحی پروژه‌های ملی و سازمانی، تدوین استانداردها و دستورالعمل‌های تخصصی، آموزش و توانمندسازی مدیران، کارشناسان و ذی‌نفعان، برگزاری نشست‌های علمی و تخصصی، و تولید و انتشار محصولات دانشی شامل گزارش‌های پژوهشی، کتاب، مقالات علمی، بسته‌های آموزشی و محتوای ترویجی است.
مرکز ملی مطالعات سلامت اداری جهاددانشگاهی همچنین با توسعه همکاری‌های علمی، پژوهشی و فناورانه با دانشگاه‌ها، مراکز پژوهشی، نهادهای سیاست‌گذار، دستگاه‌های اجرایی و سازمان‌های ملی و بین‌المللی، در پی ایجاد شبکه‌ای از متخصصان و کنشگران حوزه سلامت اداری و تبدیل دانش تولیدشده به راهکارهای قابل اجرا در نظام حکمرانی کشور است.
در نهایت، این مرکز می‌کوشد با بهره‌گیری از ظرفیت فناوری‌های نوین، توسعه سامانه‌های هوشمند پایش سلامت اداری، ابزارهای تحلیل داده، نظام‌های ارزیابی دیجیتال و راهکارهای فناورانه، نقش مؤثری در حرکت نظام اداری کشور به سوی شفافیت، پاسخگویی، کارآمدی، عدالت سازمانی و استقرار فرهنگ مبتنی بر سلامت، اخلاق حرفه‌ای و مسئولیت‌پذیری ایفا نماید.